崇明县（区）的历史与崇明岛的历史息息相关，崇明岛是多个沙洲聚合而成，其最早大致出现于隋末唐初，唐武德年间，长江口积涨出东、西（西沙又称顾俊沙）二沙洲，沙洲之上渐渐形成沙田地，武则天神龙年间，始有渔民定居西沙。
清初以前崇明主要沙洲示意图
五代十国时期，杨吴与吴越在长江口一带争战，杨吴静海都镇遏使姚彦洪于杨吴天祚三年在西沙设立崇明镇，此为崇明建置之始。杨吴之后地属南唐。
唐代东、西二沙洲
后周显德五年，后周尽收南唐江北土地，废除崇明镇建置。
北宋初，恢复崇明镇建置，隶属通州海门县。朝廷流放犯人于崇明沙洲从事煎盐生产。
明清崇明县城（长沙城）大致范围示意
天圣三年，东沙的西北新涨出姚刘沙，并与东沙接壤。建中靖国元年，姚刘沙西北隔水50里处又涨出三沙。
南宋嘉定十五年，于姚刘沙设置天赐盐场，抽征盐税，隶属通州海门县，由淮东制置司统领。
30年代初国民政府陆军部测绘崇明县城（长沙城）
元初隶属两淮都转运盐使。至元十二年，因户口繁荣，命横州知州薛文虎前来镇抚，十四年，升崇明镇为州，隶属扬州路。首任崇明知州薛文虎在姚刘沙天赐盐场场署旧址建立州城，为土城；改崇明镇为西沙巡检司。
1932年日本间谍测绘崇明县城图（长沙城）
元至正十二年，州城坍没，于旧州城北十五里处重建土城，俗称东沙城，城周九里。同年海盗方国珍来犯，被击退。十七年，崇明知州归附朱元璋起义军。朱元璋赐字“东海瀛洲”，自此崇明亦称瀛洲。
明代崇明各沙洲已颇具规模，但仍未形成大岛
明洪武二年，由于江流变化，崇明大片盐田坍没，于是降州为县，仍隶扬州路，属通州。洪武八年，因远离扬州，改隶苏州府。永乐十八年，东沙城坍没。知县高居正、指挥江麟在已坍没东沙城北十里的秦家符重建城池，次年建成，规模如旧。周围9里30步，城濠宽11步。有陆门4座：东门宁洋、西门承恩、南门迎薰、北门安顺，在迎薰门东边还有一座水门。
宣德初年，土墙被包上城砖。
清代中期木板地图上的崇明长沙城
正统八年，城墙被加高，增设四门城楼和四隅角楼。弘治十年，兼隶于太仓州，不久城西南坍入海中，船舶停靠在护城河里。正德十二年，知县梁景行加高西南土城达一丈多以捍御海潮。嘉靖八年县城再次坍没，县治西迁至三沙马家浜，再次筑起一座马家浜土城。嘉靖二十九年，受江水冲刷影响，县城再度危机，于是又迁治于三沙西南平洋沙重新筑土城。嘉靖三十三年，受倭寇袭扰，以砖包城。
1937年日军占据下的崇明南门（崇安门）
万历十一年起，崇明县城再度迁址，新城取址长沙，故而俗称长沙城。城周四里，高二丈。设陆城门五座，东门乐平，南门迎薰，西门庆成，北门拱辰，东南门朝阳。
清初，郑成功与清军于崇明多有战事。康熙十四年整修城门并易名，五门分别改名为东门春晖、南门崇安、西门镇海、北门武定、东南门百胜。
1937年日军占据下的崇明东门（春晖门）
清雍正二年，崇明县专隶于直隶太仓州。近代改设崇明区，隶属上海。
崇明东门（春晖门）
由于崇明岛的形成本就是历代涨出的沙洲聚合而成，而这些沙洲在聚合之前的历史上建置归属不一，故而崇明岛与今崇明区并不完全相等，例如岛北少片属江苏南通的地方，原为海门、启东所属的永隆沙与兴隆沙，后因为围垦才与崇明岛相连。
1944年崇明岛与崇明县城
